Fauna

Se han determinado 69 especies de aves, de las cuales 14 son residentes y 55 migratorias (Thorn 2002) (Anexo A, Cuadro A2). Los Cayos Cochinos son lugares muy importantes como sitios de descanso, refugio y alimentación de muchas especies de aves migratorias terrestres y marinas, como la paloma coroniblanca (Columba leucocephala) y la fragata (Fregata magnificens), respectivamente. Las especies terrestres residentes y migratorias se concentran en los dos islas, ligadas a los bosques de roble y a vegetación arbórea y arbustiva latifoliada cercana a las playas.

Parece que hay una tendencia hacia la disminución de las especies de avifauna en los cayos pequeños especialmente, y menos en las dos islas (Thorn 2002).
Las aves terrestres residentes más comunes en las dos islas son el vireo de Yucatán (Vireo magíster), el zanate (Quiscalus mexicanus), la paloma coroniblanca y la paloma terrestre (Leptoptila jamaicensis).
La fragata y el pelicano café (Pelecanus occidentalis), son las aves marinas residentes más abundantes, y varias especies de golondrina (Sterna sp.) y el vuelca piedras (Arenaria interpres) son las aves marinas migratorias más comunes.

Reptiles y anfibios
Se han reportado 6 ofidios, 13 saurios, 3 quelonios y 2 anuros para el archipiélago de Cayos Cochinos, es decir, 22 reptiles y 2 anfibios (Ferrari 2002. Destacan dos pichet)es (Phyllodactylus palmeus y Sphaerodactylus rosaurae) endémicos de Islas de la Bahía, el pichete bandera (Anolis allisoni) que además está en los cayos de Belice y el garrobo negro (Ctenosaura palearis), endémico de Honduras. La especie más relevante es la boa (Boa constrictor) que a pesar de tener amplia distribución en el país, presenta un color rosado particular para Cayos Cochinos.


Mamíferos.
Se han determinado 11 especies de mamíferos silvestres en el archipiélago de Cayos Cochinos y 4 especies de mamíferos domésticos (gatos, perros, cabras y un cerdo) (Flores 2002). Una lista detallada se puede observar en el Anexo A (Cuadro A5 y A6). Algunos mamíferos han sido introducidos en los últimos años, como es el caso de la rata (Rattus rattus), que aparentemente llegó transportada por descuido desde Roatán (Bermingham et al. 1998). Parece ser que tanto las pacas (Agouti paca) introducidas hace varias décadas por pescadores de las vecinas Islas de la Bahía .
La ausencia casi total de pequeños roedores puede ser debido a la competencia por alimento con cangrejos y lagartos, además de las 19
condiciones adversas de las islas para el asentamiento de estos ratones (Bermingham et al. 1998).
Cabe destacar el (Marmosa robinsoni)
indicio de presencia de la marmosa de Robinson) cuya distribución es discontinua en Centroamérica y en el caso de Honduras sólo se ha observado en las Islas de la Bahía. En cuanto a la guatuza en Cayo Menor se ha planteado la duda sobre si corresponde a las especie continental
(D.punctata), o la endémica insular (D. ruatanica). El grupo más diverso de mamíferos de las islas son los murciélagos.